正山小種與人工小種合稱為小種紅茶，紅茶在六大茶類中屬于全發酵茶。正山小種喝起來苦澀有點酸，首先可能與制作工藝上面的缺陷有關。當發酵沒有控制好，正山小種的茶湯就會發酸。正宗桐木關小種的甜爽口感是發酵適中的結果，發酵不到位時會有青味，有苦澀感，發酵過頭了則會喝著較酸。
紅茶的發酵其實是內部多酚類物質的氧化過程，茶青鮮葉細胞組織在發酵過程中受到損傷后，具有澀味的多酚類物質的含量會減少，具有特殊香氣以及形成有色物質、增加茶湯甜度和稠滑程度的茶黃素、茶紅素、水溶性果膠、可溶性單糖等物質的含量會增多，從而影響到茶葉的色香味發生改變。
其次，在發酵過后的烘干工序上，正山小種茶葉內部的含水量需控制在7%以下。若水分過高，紅茶在堆起來的時候會經歷又一次的發酵，這就容易導致茶葉發酵過了頭，從而產生酸味。同樣地，若是在茶葉的貯藏環節導致受潮，造成再次發酵，正山小種的茶湯也會帶酸。
總之，如果不是制作工藝合格且保存得當的正山小種紅茶，在過度發酵的情況下，沖泡出來的茶湯喝起來會有酸味。最后，沖泡不當也會導致正山小種喝起來苦澀或有點酸，比如投茶量過多、前幾泡便開始坐杯等等。沖泡正山小種茶，也需要注重泡茶技巧。
真正的正山小種紅茶經受得住100度沸水的沖泡，水溫最低也應該是90度，否則茶葉中的內含物質很難析出。正山小種紅茶不適合長時間的浸泡，洗茶后的第一泡需要秒出水，以5秒內出水為宜，否則茶的香氣與味道就會受到破壞。后面幾泡也不宜超過30秒，直到茶湯的滋味明顯變淡，方可開始坐杯，延緩出湯。
那么，正山小種發酸有害嗎?對于正山小種的酸，需要區別以待。對于味蕾敏感的人來說，輕微的酸味也會影響茶湯的滋味體驗。而對于其他人來說，這種酸味可能會帶來誘人的風味，使茶湯能感受到的層次更加豐富與多樣，從而增加喝茶的滋味體驗。
只要不是存放不當引起的茶葉受潮、發酸，這種正山小種并不會對人體帶來什么危害，只是會降低喝茶的舒適體驗。一款品質上等的正山小種紅茶，頭泡喝著可能有些青味，但之后不會有苦澀味或酸味，而是帶有花香，同時葉底也無半分雜味，聞起來香氣舒服。
但要是品質不好、工藝不精、假冒偽劣的正山小種紅茶，喝起來也許會有酸味，葉底聞起來也會帶有酸澀味甚至酸餿味。而一旦茶葉受潮變質導致的帶酸味，這種正山小種就不能再喝了，喝多了變質茶會吸收大量有害的細菌、毒素，引起腹痛、腹瀉、頭暈等癥狀。
